研究生生涯
本所鼓勵經甄試方式入學同學提前入學（學年之下學期）。一般筆試入學者，錄取確定後便可聯繫所方或指導教授，開始進行研究之準備。新生正式入學前，依照個人意願安排指導教授，就研究、學習、學術生活各方面提供協助。研二上學期末，修習完十六學分，可舉行學位論文研究計畫口試（proposal口試）。有鑑於國內人文社會領域碩士班修業期間過長，本所規定學位論文字數為三萬字以上（細節及其他畢業規定，見本所修業規章），以縮短就學時間。迄今本所同學修業時間，因個人研究與生涯規劃而異，多為二年至三年半。
本校為協助研究生完成學業，並鼓勵參與所上教學、研究及行政業務工作設置有「研究生助學金」（每月四千元）。另校內包括核心通識課程在內亦有「教學助理」（TA）之工作機會（學期中每月四千元）。本所教師執行包括國科會研究計畫之各項計畫，亦常有兼任助理協助之需求（每月六千至八千元）。此外，若以醫療、衛生研究，以及醫療史為研究主題，亦可申請本所合作機構中研院「衛生與東亞社會」計畫之碩士生獎勵培育計畫，或相關計畫之成果獎勵。
本校其他助學貸款，獎助學金，以及各項急難及經濟弱勢之專案，請見本校學務處網頁「安定就學專區」之說明。本所及本校亦十分鼓勵同學出國參加研討會、短期參訪與交流。相關經費申請、交換學生資訊，請見本校國際事務處網站說明。
未來展望
無論畢業生計畫繼續深造、或就業與進修，均有適宜而具社會重要性之出路。本所畢業生未來可於國內外人文社會科學各領域之博士班（特別是科技與社會、科學史與科學哲學、醫療史、人類學、社會學、科技政策、科學教育、博物館學、性別研究等），均有很大的發展空間。過去清華大學歷史所（科技與社會組、科技史組）、清華大學社會學研究所、臺灣大學社會科學院、高雄醫學大學性別研究所等單位已培養出相當人數的碩士生，常持續科技與社會研究，或於國內外深造，或已於國內外各學術、研究與醫療單位任教或服務。
除前面所提之繼續深造外，本所強調理論與實作的紮實訓練，也將充實同學日後在下列專業領域發展的學養與能力。
一、「環保生態」、「永續發展」、「社區營造」、「公共政策」等非政府組織或行政單位。
二、專業性的「科普」、「科技史」、「科學教育」、「醫學人文」、「社會改革」、「STS」刊物與書籍的編輯、評論與出版。
三、各級政府之「文化」、「社會」、「衛生」、「科技評鑑」等行政單位。
四、包括醫師、護理人員、心理諮商師在內之醫療從業人員、社工師、工程師、建築師、技師、文化行政人員等之（在職）進修管道。
五、透過各式媒體與媒介，以文化工作者與STSer的雙重身份，從事創作，挖掘、反思、想像各種STS的相關議題。
六、醫療、衛生與環保團體、社區發展協會、智庫等各種非政府組織。
七、大眾傳播媒體機構，從事社會調查、活動企劃、科技爭議分析、專業諮詢、政策倡議與社會改革。
八、公部門中與中等教育、科學教育、博物館、科技政策、能源、性別、環境與社區營造、公共行政等領域相關之專責機構。